Historycznie rzecz biorąc, wyróżnić można przynajmniej pięć zasad, według których może się układać stosunek między państwem a działającymi na jego terenie organizacjami wyznaniowymi — związkami wyznaniowymi i kościołami. Są to:
1) zasada panowania organizacji wyznaniowej nad państwem;
2) zasada panowania państwa nad organizacjami wyznaniowymi;
3) zasada koordynacji;
4) zasada ustawowego zwierzchnictwa państwa nad wyznaniami oraz
5) zasada oddzielenia organizacji wyznaniowych od państwa.
Obowiązujący w Polsce system stosunków między państwem a kościołami i związkami wyznaniowymi Konstytucja PRL określa następująco: „Kościół jest oddzielony od państwa… Nadużywanie wolności sumienia i wyznania dla celów godzących w interesy PRL jest karane” (art. 70).
Proklamowana przez Konstytucję PRL zasada oddzielenia kościołów i związków wyznaniowych od państwa jest uwieńczeniem długotrwałego procesu dokonującego się w skali światowej. Szereg krajów europejskich, w których ludność wyznania rzymskokatolickiego stanowiła znaczną większość, wprowadziło tę zasadę do swej praktyki społeczno-politycznej już począwszy od XVIII wieku. Łączyło się to głównie z charakterem Kościoła Rzymskokatolickiego jako międzynarodowej organizacji oraz z jego dążeniami do podporządkowania sobie życia publicznego, co z kolei prowadziło do konfliktów z państwem. Teoretyczne podstawy zasady oddzielenia organizacji wyznaniowych od państwa były opracowywane zarówno przez teoretyków burżuazyjnych (od XVIII w. począwszy), jak i przez klasyków marksizmu-leninizmu.
Klasycy marksizmu, dowodząc konieczności oddzielenia kościołów i organizacji wyznaniowych od państwa, akcentowali m.in. fakt, że tylko to może zapewnić rzeczywistą wolność sumienia i wyznania. Oto co na ten temat pisał K. Marks: „Skoro w państwie istnieje kilka równouprawnionych wyznań, to nie może ono już być państwem religijnym, nie będąc naruszeniem praw tych poszczególnych wyznań, nie będąc kościołem, który potępia jako heretyka każdego zwolennika innego wyznania, który uzależnia każdy kęs chleba od wiary i czyni z dogmatu więź między poszczególną jednostką a jej egzystencją jako obywatela państwa”. Panowanie jednej religii — zdaniem K. Marksa — „nie może być niczym innym jak religią panowania, kultem woli rządu”.
Również W. I. Lenin dużo uwagi poświęcił sprawie właściwego ułożenia stosunków między państwem socjalistycznym a organizacjami wyznaniowymi. Wykazując, że warunki, w których nie ma rozdziału kościoła od państwa, uniemożliwiają realizację zasady wolności sumienia i wyznania, powodując z. jednej strony zależność kościoła od państwa, z drugiej zaś zależność obywateli od panującego kościoła, Lenin postulował „całkowite oddzielenie kościoła od państwa”.
„Żądamy — pisał — aby religia była sprawą prywatną w stosunku do państwa, ale w żadnym razie nie możemy uważać religii za sprawę prywatną w stosunku do naszej własnej partii. Państwo nie powinno mieć nic wspólnego z religią, stowarzyszenia religijne nie powinny być związane z władzą państwową. Należy pozostawić każdemu zupełną swobodę wyznawania takiej religii, jaka mu odpowiada, albo niewyznawania żadnej religii, tzn. pozostawania ateistą… Czynienie jakichkolwiek różnic w prawach obywateli z powodu religii przez nich wyznawanej jest absolutnie niedopuszczalne. Wszelkie wzmianki o tym czy innym wyznaniu obywatela w dokumentach urzędowych należy bezwzględnie znieść… Jedynie całkowite spełnienie tych żądań może położyć kres haniebnej i przeklętej przeszłości, kiedy kościół pozostawał w poddańczej zależności od państwa, obywatele rosyjscy zaś pozostawali w poddańczej zależności od panującego kościoła, kiedy istniały i stosowane były średniowieczne, inkwizycyjne ustawy…, prześladujące za wiarę lub niewiarę, gwałcące sumienie człowieka… Całkowite oddzielenie kościoła od państwa — oto żądanie, jakie stawia socjalistyczny proletariat współczesnemu państwu i współczesnemu kościołowi”.
Zasadę oddzielenia organizacji wyznaniowych od państwa należy — zdaniem klasyków marksizmu — rozumieć przede wszystkim jako prawne i instytucjonalne zagwarantowanie wolności sumienia i wyznania.
Państwo ludowe traktuje wszystkie kościoły i związki wyznaniowe zgodnie z tymi samymi zasadami, które wypływają z uznania wolności sumienia i wyznania. Żaden kościół i związek wyznaniowy nie może domagać się od państwa większych uprawnień niż posiadane przez inne instytucje religijne tego typu; wszystkie te instytucje bowiem, działając na zasadach określonych w Konstytucji, są wobec państwa równoprawne.